截至2019年末，衢州共有卫生机构（含村卫生室）1796个，其中医院90个，基层医疗卫生机构1666个，专业卫生机构29个。卫生机构共有病床床位15597张，卫生技术人员19212人，其中医生7453人。孕产妇和5岁以下儿童死亡率分别为5.8/10万和3.26‰。农村卫生厕所普及率99.98%。